Dass es Widerstand seitens der Länder geben würde, war schon im Vorhinein bekannt. Mit einer Protokollerklärung versuchte das Bundeslandwirtschaftsministerium, den Kritikern entgegenzukommen und das Gesetz zu retten. Am Ende überwog im Bundesrat dennoch die Sorge, den Landwirten durch die Nitrat-Dokumentation einen (unnötig) großen bürokratischen Aufwand aufzubürden.

Hintergrund der Novelle ist ein Vertragsverletzungsverfahren, das die EU-Kommission im Jahr 2013 gegen Deutschland wegen Nicht-Einhaltung der Nitratrichtlinie eingeleitet hatte. Erst im vergangenen Jahr wurde das Verfahren eingestellt: zum Beispiel gegen die Zusicherung, ein flächendeckendes Nitrat-Monitoring zu etablieren, das zeigt, ob die Düngeverordnung eine Verbesserung erreicht. Kann Deutschland die Vorgaben der EU weiterhin nicht erfüllen, drohen hohe Strafzahlungen.